Có nhiều quan niệm khác nhau về lịch sử của virus điện toán. Ở đây chỉ nêu rất vắn tắt khái quát những điểm chung nhất, qua đó, chúng ta có thể hiểu chi tiết hơn về các loại virus:

• Năm 1949: John von Neumann (1903-1957) phát triển nền tảng lý thuyết tự nhân bản của 1 chương trình cho máy tính.
• Vào cuối thập niên 1960 đầu thập niên 1970 đã xuất hiện trên các máy Univax 1108 1 chương trình gọi là "Pervading Animal" tự nó có thể nối với phần sau của các tập tin tự hành, lúc đó chưa có khái niệm về virus.
• Năm 1981: Các virus đầu tiên xuất hiện trong hệ điều hành của máy tính Apple II.
• Năm 1983: Tại Đại học miền Nam California, tại Hoa Kỳ, Fred Cohen lần đầu đưa ra khái niệm "Virus máy tính" (computer virus) như định nghĩa ngày nay.
• Năm 1986: Virus "the Brain", virus cho máy tính cá nhân (PC) đầu tiên, được tạo ra tại Pakistan bởi Basit và Amjad. Chương trình này nằm trong phần khởi động (boot sector) của 1 đĩa mềm 360Kb và nó sẽ lây nhiễm tất cả các ổ đĩa mềm. Đây là loại "stealth virus" đầu tiên.
• Cũng trong tháng 12 năm này, virus cho DOS được khám phá ra là virus "VirDem". Nó có khả năng tự chép mã của mình vào các tệp tự thi hành (executable file) và phá hoại các máy tính VAX/VMS.
• Năm 1987: Virus đầu tiên tấn công vào command.com là virus "Lehigh".
• Năm 1988: Virus Jerusalem tấn công đồng loạt các đại học và các công ty trong các quốc gia vào ngày thứ Sáu 13. Đây là loại virus hoạt động theo đồng hồ của máy tính (giống bom nổ chậm cài hàng loạt cho cùng 1 thời điểm).
• Tháng 11 cùng năm, Robert Morris, 22 tuổi, chế ra worm chiếm cứ các máy tính của ARPANET, làm liệt khoảng 6.000 máy. Morris bị phạt tù 3 năm và 10.000 dollar. Mặc dù vậy anh ta khai rằng chế ra virus vì "chán đời" (boresome).
• Năm 1990: Chương trình thương mại chống virus đầu tiên ra đời bởi Norton.[2]
• Năm 1991: Virus đa hình (polymorphic virus) ra đời đầu tiên là virus "Tequilla". Loại này biết tự thay đổi hình thức của nó, gây ra sự khó khăn cho các chương trình chống virus.
• Năm 1994: Những người thiếu kinh nghiệm, vì lòng tốt đã chuyển cho nhau 1 điện thư cảnh báo tất cả mọi người không mở tất cả những điện thư có cụm từ "Good Times" trong dòng bị chú (subject line) của chúng. Đây là 1 loại virus giả (hoax virus) đầu tiên xuất hiện trên các điện thư và lợi dụng vào "tinh thần trách nhiệm" của các người nhận được điện thư này để tạo ra sự luân chuyển.
• Năm 1995: Virus văn bản (macro virus) đầu tiên xuất hiện trong các mã macro trong các tệp của Word và lan truyền qua rất nhiều máy. Loại virus này có thể làm hư hệ điều hành. Macro virus là loại virus viết ra bằng công cụ VBA (Visual Basic for Applications)[3] và tùy theo khả năng, có thể lan nhiễm trong các ứng dụng văn phòng của Microsoft như Word, Excel, PowerPoint, OutLook,.... Loại macro này, nổi tiếng có virus Baza và virus Laroux, xuất hiện năm 1996, có thể nằm trong cả Word hay Excel. Sau này, virus Melissa, năm 1997, tấn công hơn 1 triệu máy, lan truyền bởi 1 tệp đính kèm kiểu Word bằng cách đọc và gửi đến các địa chỉ của Outlook trong các máy đã bị nhiễm virus. Virus Tristate, năm 1999, có thể nằm trong các tệp Word, Excel và PowerPoint.
• Năm 2000: Virus Love Bug, còn có tên ILOVEYOU, đánh lừa tính hiếu kì của mọi người. Đây là 1 loại macro virus. Đặc điểm là nó dùng đuôi tập tin dạng "ILOVEYOU.txt.exe", lợi dụng điểm yếu của Outlook thời bấy giờ: theo mặc định sẵn, đuôi dạng.exe sẽ tự động bị giấu đi. Ngoài ra, virus này còn có 1 đặc tính mới của spyware: nó tìm cách đọc tên và mã nhập của máy chủ và gửi về cho tay hắc đạo. Khi truy cứu ra thì đó là 1 sinh viên người Philippines. Tên này được tha bổng vì lúc đó Philippines chưa có luật trừng trị những người tạo ra virus cho máy tính.
• Năm 2002: Tác giả của virus Melissa, David L. Smith, bị xử 20 tháng tù.
• Năm 2003: Virus Slammer, 1 loại worm lan truyền với vận tốc kỉ lục, truyền cho khoảng 75.000 máy tính trong 10 phút.
• Năm 2004: Đánh dấu 1 thế hệ mới của virus là worm Sasser. Với virus này thì người ta không cần phải mở đính kèm của điện thư mà chỉ cần mở lá thư là đủ cho nó xâm nhập vào máy. Cũng may là Sasser không hoàn toàn hủy hoại máy mà chỉ làm cho máy chủ trở nên chậm hơn và đôi khi nó làm máy tự khởi động trở lại. Tác giả của worm này cũng lập 1 kỉ lục khác: tay tin tặc nổi tiếng trẻ nhất, chỉ mới 18 tuổi, Sven Jaschan, người Đức. Tuy vậy, vì còn nhỏ tuổi, nên vào tháng 7/2005, tòa án Đức chỉ phạt anh này 3 năm tù treo và 30 giờ lao động công ích.
• Năm 2017: Vụ tấn công của WannaCry vào ngày 12/5/2017 đang tiếp tục phát tán. WannaCry (tạm dịch là "Muốn khóc") còn được gọi là WannaDecryptor 2.0, là 1 phần mềm độc hại mã độc tống tiền tự lan truyền trên các máy tính sử dụng Microsoft Windows. Vào tháng 5/2017, 1 cuộc tấn công không gian mạng quy mô lớn sử dụng nó được đưa ra, tính tới ngày 15/5 (3 ngày sau khi nó được biết đến) gây lây nhiễm trên 230.000 máy tính ở 150 quốc gia, yêu cầu thanh toán tiền chuộc từ 300 - 600 Euro bằng bitcoin với 20 ngôn ngữ (bao gồm tiếng Thái và tiếng Trung Quốc). Hiện thời người ta biết tới 5 tài khoản bitcoin của họ, đến nay chỉ có không hơn 130 người chịu trả tiền, thu nhập tối đa chỉ khoảng 30.000 Euro.
• Với khả năng của các tay tin tặc, virus ngày nay có thể xâm nhập bằng cách bẻ gãy các rào an toàn của hệ điều hành hay chui vào các chỗ hở của các phần mềm nhất là các chương trình thư điện tử, rồi từ đó lan tỏa khắp nơi theo các nối kết mạng hay qua thư điện tử. Do đó, việc truy tìm ra nguồn gốc phát tán virus sẽ càng khó hơn nhiều. Chính Microsoft, hãng phần mềm tạo ra các phần mềm phổ biến, cũng là 1 nạn nhân. Họ đã phải nghiên cứu, sửa chữa và phát hành rất nhiều các phần mềm nhằm sửa các khiếm khuyết của phần mềm cũng như phát hành các cập nhật của gói dịch vụ (service pack) nhằm giảm hay vô hiệu hóa các tấn công của virus. Nhưng dĩ nhiên với các phần mềm có hàng triệu dòng mã nguồn thì mong ước chúng hoàn hảo theo ý nghĩa của sự an toàn chỉ có trong lý thuyết. Đây cũng là cơ hội cho các nhà sản xuất các loại phần mềm bảo vệ, sửa lỗi phát triển.
• Trong tương lai không xa, virus sẽ có thêm các bước biến đổi khác, nó bao gồm mọi điểm mạnh sẵn có (polymorphic, sasser hay tấn công bằng nhiều cách thức, nhiều kiểu) và còn kết hợp với các thủ đoạn khác của phần mềm gián điệp (spyware). Đồng thời nó có thể tấn công vào nhiều hệ điều hành khác nhau chứ không nhất thiết nhắm vào 1 hệ điều hành độc nhất như trong trường hợp của Windows hiện giờ. Và có lẽ virus sẽ không hề (thậm chí là không cần) thay đổi phương thức tấn công: lợi dụng điểm yếu của máy tính cũng như chương trình.